We wrześniu 1939 r. w trakcie agresji Niemiec na Polskę Manstein był szefem sztabu Grupy Armii "Południe". W październiku 1939 r. po przemianowaniu na Grupę Armii "A" została ona przerzucona na front zachodni. Na przełomie 1939 i 1940 r. von Manstein opracował plan pokonania . Polegał on na zmasowanym użyciu czołgów i uderzeniu przez Ardeny w kierunku Sedanu. W ten sposób wojska zmechanizowane i pancerne mogły ominąć Linię Maginota i uderzyć w najsłabsze miejsce francuskiej obrony. Naczelne Dowództwo Wojsk Lądowych w odpowiedzi odwołało Mansteina ze stanowiska szefa sztabu Grupy Armii "A" i przekazało mu już mianowanemu z dniem 1940 r. na stopień generała piechoty dowodzenie nowo utworzonym XXXVIII KA. Nie brał udziału w pierwszej fazie kampanii na zachodzie zakończonej ewakuacją wojsk sprzymierzonych w Dunkierce. W dalszej części operacji Manstein na czele swojego korpusu przyczynił się do uzyskania decydującego zwycięstwa na Zachodzie, przebijając się w czternaście dni z linii Sommy do . Za ten wyczyn został odznaczony Krzyżem Rycerskim Krzyża Żelaznego. W rozpoczętej 22 czerwca 1941 r. wojnie z ZSRR, Manstein dowodził LVI Korpusem Pancernym. Pierwszego dnia wojny jego oddziały musiały pokonać 80 km i zdobyć wielki wiadukt drogowy nad doliną pod Ariogalą. Zadanie zostało wykonane i po pokonaniu dalszych 240 km jego jednostki 26 czerwca zdobyły nieuszkodzone mosty w Dyneburgu i samo miasto. Później, po przełamaniu sowieckich pozycji nad jeziorem natarł w kierunku Leningradu. 12 września 1941 r. został mianowany dowódcą 11. Armii, której zadaniem było zdobycie Krymu. 30 czerwca 1942 r. padł Sewastopol a Manstein został nominowany na feldmarszałka. Będąc dowódcą Grupy Armii "Don" wziął udział w nieudanej próbie przyjścia z pomocą okrążonym wojskom pod Stalingradem. Dowodząc Grupą Armii "Południe" Manstein ponownie pokazał swój talent dowódczy wygrywając w marcu 1943 r. bitwę o Charków. Wziął udział w operacji "Cytadela", bitwie na łuku kurskim. Od tej chwili aż do jego dymisji, dowodzona przez niego GA "Południe" brała udział w ciężkich walkach odwrotowych. 30 marca 1944 r. został zwolniony przez z dowodzenia GA "Południe" (przemianowana na GA "Północna Ukraina"). Do końca wojny nie otrzymał już żadnego przydziału służbowego.